Sujet très intéressant, mais pour lequel je ne suis pas sûr qu'il y ait une littérature importante en Français !
Ma modeste contribution viendra de l'ouvrage "Les orgues de J.-S. Bach" de C. Wolff et M. Zepf dont j'ai l'édition américaine.
La première partie recense 47 orgues qui ont une relation avérée avec Bach (agissant en tant que titulaire, interprète ou expert). J'en ai retiré les références des projets d'orgue jamais réalisés.
Sur ces 47 instruments, 9 ont été détruits totalement ou substantiellement pendant la deuxième guerre mondiale :
Dresde, Eglise Sainte-Sophie. Orgue Silbermann, détruit en 1945.
Gera, Chapelle du Château. Orgue Finke, détruit en 1945.
Hambourg, Eglise Sainte-Catherine. Orgue Scherer, détruit en 1943.
Leipzig, Eglise Saint-Jean. Orgue Scheibe, détruit en 1943.
Leipzig, Nouvelle Eglise (Eglise Neuve ?). Orgue Donat, détruit en 1943.
Lübeck, Eglise Sainte-Marie. Orgue Bünstig, détruit en 1942.
Ohrdruf, Eglise Saint-Michel. Orgue Lehmann / Brunner, détruit en 1945.
Potsdam, Eglise de la Garnison. Orgue Wagner, détruit en 1945.
Potsdam, Eglise du Saint-Esprit. Orgue Gesell/Schulz, détruit en 1945.
D'autres n'ont été "que" partiellement endommagés. Je n'ai mentionné que les facteurs principaux pour chacun de ces instruments, la plupart du temps le constructeur de l'orgue qui a été détruit; il peut donc s'agir d'un facteur postérieur à Bach, dans la mesure où l'instrument a pu être reconstruit totalement dans l'intervalle.