Bien sûr qu'ils sont différents. Le plus souvent le bourdon a la lèvre supérieure droite, la soubasse a la bouche arquée. Quelquefois, mais pas toujours, la soubasse est aussi plus grosse que le bourdon. (au SC de Dijon, les tailles sont identiques). L'idée de cette différence c'est de donner plus de fondamentale à la soubasse, ce qui permettra de la pousser plus sans émettre d'harmoniques malvenues. Le bourdon étant en général au clavier, il est traité moins puissant que la soubasse. Il a la bouche droite pour que l'on distingue bien l'articulation du son.
La bouche de la soubasse est arquée pour la simple raison que la pression d'air nécessaire si elle était droite (vu sa hauteur importante) serait trop importante ( entre 250 et 500 mm, ce qu'on a pas en France à part à Nogent). Le fait d'arquer la lèvre supérieure donne l'effet d'une bouche plus haute mais le tuyau démarre même avec 100mm de pression. Une soubasse à 60 de pression n'existe pas, c'est obligatoirement un bourdon.
Le problème se pose quand on a un bourdon 16' commun au clavier et au pédalier. Dans ce cas c'est toujours un bourdon, jamais une soubasse qui brouillerait complètement la première octave du clavier. Evidemment le pédalier pêche par un manque de puissance évident dans ce cas.
Il existe des cas de soubasse 16' au clavier (NDP si je me rappelle bien) mais ce sont des exceptions souvent traitées en simple bourdon.